GNU ライセンス (GPL / LGPL) は難読化してはいけません
GPL は GPL 感染と呼ばれるほどに強力なライセンスであり、GPL を含むプロジェクトは、基本的にはすべて GPL でなければなりません(混在できる場合を除く)。 GPL を使いつつ、第三者に開発したソースコードなどの成果を明け渡したくない場合に、ソースコードを難読化する手段が思いつきますが、GPL はソースコードの難読化を禁じています。
自由ソフトウェアの定義(翻訳) - GNU オペレーティング・システムGNU が提唱する自由ソフトウェア(フリーソフトウェア)の定義では「変更の自由」を維持する義務があり、難読化されたソースコードは、ソースコードとして見なされないとされています。 (一方で GPL をはじめ、各ライセンスのテキストにはそれを示唆するテキストが無いように見えることは問題です)
次の URL から GNU が提唱する自由ソフトウェアを一覧することができます。
GPLと両立する自由ソフトウェア・ライセンス - GNU オペレーティング・システム