Unity の NetworkManager(UNET) を使って通信機能を作るとき、Qos Channels を設定することができます。 通信の種類・品質を制御するための物ですが、このチャネルのリストに同種のチャネルが存在するとき、サーバーとクライアントが接続できない問題を確認しました。

例えば、Unrealiable, Unrealiable にすると、問題なく起動できますが、接続できなくなります。

この問題は Unity 2017 で確認していますが、エラーが特に表示されないので注意する必要があります。 実行時にチャネルを追加する実装はほとんどないと思いますが、特段の注意が必要そうです。